有哪位大虾们能帮忙解释一下RT-PCR中引物的碱基序列中上游的Tm值和下游的Tm值不一样不一样是什么原因？

你设计的引物，上游对应的是基因组的正向，下游对应的是基因组的反向。如果把下游引物转换成反向互补，就可以对应了

这样理解，把编码链本身的5"→3"的方向 规定为正方向，也就是模板链的3">5"是正方向了，而模板链的5"→3"的方向 也就是为负方向了。上游链就是结合在模板链3"端，也就是在正方向的上游，其延伸方向和正方向相同；而下游链结合在编码链5"端，也就是正方向的下游，其延伸方向和正方向相反了。

正向引物

先说上游。DNA分子两端不一样，因为核苷酸分子不是对称的，5"位有个磷酸，3"位是-OH 就是：磷酸端和羟基端。DNA复制总是从5"端到3"端，因为DNA聚合酶只能往3"端加核苷酸。所以谁先复制谁上游，往后的就是下游，上游下游是个相对概念，是某一个序列／碱基相对于另一个序列／碱基而言。引物的概念我就不说了，看摆渡百科。然后DNA是双链，两个链是反向平行的，DNA聚合酶顺着其中一个链走，这个链就是负链，另一个链是反着一段一段复制的，这个是正链。所以上游引物就是位于整个扩增子（就是被扩增的目的序列）的5"端的引物。同DNA负链互补，同正链序列相同。 强烈建议找个教科书抱着看．

虽然这个问题很简单，但我怎么发觉挺难回答的......上游引物就是和要扩增基因片断上游序列结合的引物（引物就是单链寡聚核苷酸，基因扩增需要从引物开始），同理，下游引物指与目的基因片断下游序列结合者。具体示意如下：（上下两条长线代表DNA模板）5"------------------------------------3"(无法控制输入格式啊)3"-----5"<----这个是下游引物5"----3"<--这个是上游引物3"------------------------------------5"我不太明白你的补充问题哈，再解释下：普通的PCR反应（就是用来扩增基因片断的反应），都是有且只有一个上游引物和一个下游引物的，也就是一对引物。因为DNA有两条链啊，半保留复制方式，细节你可以去看看PCR反应原理或生物体的DNA复制等内容。当然也有特殊的时候是单引物或多对引物同时进行扩增反应的。再另外，引物是一个核苷酸一个核苷酸合成的，一般是20个核苷酸左右的长度，不会用引物去扩增引物的。

上游引物：Forward primer,F-引物,又称为正向引物； 下游引物：Reverse primer,R-引物,又称为反向引物.

因为引物通常是人工合成的两段寡核苷酸序列，一个引物与靶区域一端的一条DNA模板链互补；另一个引物与靶区域另一端的另一条DNA模板链互补，其功能是作为核苷酸聚合作用的起始点，核酸聚合酶可由其3端开始合成新的核酸链。引物序列的 GC 含量一般为 40-60%，过高或过低都不利于引发反应。上下游引物的 GC含量不能相差太大。引物设计的基本原则：①引物长度：15-30bp，常用为20bp左右。②引物碱基：G+C含量以40-60%为宜，G+C太少扩增效果不佳，G+C 过多易出现非特异条带。ATGC最好随机分布，避免5个以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列参照。③引物内部不应出现互补序列。④两个引物之间不应存在互补序列，尤其是避免3 ′端的互补重叠。扩展资料引物设计时应该考虑到引物要有不受基因组DNA污染影响的能力，即引物应该跨外显子，最好是引物能跨外显子的接头区，这样可以更有效的不受基因组DNA污染的影响。做染料法最关键的就是寻找到合适的引物和做污染的预防工作。对于引物，你要有从一大堆引物中挑出一两个能用的引物的思想准备---寻找合适的引物非常不容易。关于BLAST的作用应该是通过比对，发现你所设计的这个引物，在已经发现并在GENEBANK中公开的全部物种基因序列当中，除了和你的目标基因之外，还有没有和其他物种或其他序列当中存在相同的序列，如和你的目标序列之外的序列相同的序列，则可能扩出其他序列的产物，那么这个引物的特异性就很差，从而不能用。反向引物（下游引物）是沿着正链进行延长的。体外扩增DNA，双螺旋是部分或完全打开的，不存在冈崎片段，也不会一段段延长，理论上正反引物都是不间断延长的，和体内DNA自我复制是有区别的。正向引物（上游引物）是沿着负链进行不间断延长的。　正链即有义链，也称编码链，一般位于双链DNA上端，方向从左到右为5‘——3"，碱基序列和该基因mRNA基本相同；与该链结合的引物为反向引物。参考资料来源：百度百科-引物

不相同。上游引物是PCR扩增反应中的一种引物，用于扩增目标DNA片段的起始端，通常与模板DNA序列不同。模板编码是指DNA序列中的编码信息，用于指导蛋白质的合成。在PCR扩增反应中，上游引物和下游引物的序列都需要与模板DNA序列互补配对，才能够进行扩增。因此，上游引物和模板编码是不同的概念。

PCR技术中，在上游引物的5"端可以加入限制性内切酶切割位点，以便后续对PCR产物进行克隆、测序等操作。此时限制性内切酶切割位点应该添加在引物的末端，靠近3"端的位置。由于PCR反应是从模板DNA的5"端向3"端延伸合成新链，因此，如果将限制性内切酶切割位点添加在引物的3"端，就可能使得引物在PCR过程中被切割，从而影响PCR扩增效率和结果。因此，一般建议将限制性内切酶切割位点添加在引物的末端，距离3"端适当距离的位置。

上游引物和下游引物分别靶向目的基因的5端和3端。在dna聚合酶的催化下会不断的扩增这一段dna。

看情况，如果终止密码子是在ATG后就会终止翻译，但是如果在ATG前就没问题

PCR扩增的引物分上下游引物（或Senseprimer,anti-senseprimer),PCR所扩增的片段就是上下游引物在DNA链上所截取的片段。上游引物与模板5‘端序列相同，下游引物与模板3"端序列反向互补。一般引物序列长度为18~25碱基。primer5来设计。两引物共同确定PCR扩增的产物的大小及位置。

PCR就是聚合酶链式扩增反应，因为DNA是双链，扩增时就需要同时扩增两条链，需要设计上游和下游引物，同时扩增DNA双链因为引物通常是人工合成的两段寡核苷酸序列，一个引物与靶区域一端的一条DNA模板链互补； 另一个引物与靶区域另一端的另一条DNA模板链互补，其功能是作为核苷酸聚合作用的起始点，核酸聚合酶可由其3端开始合成新的核酸链。　　 引物序列的 GC 含量一般为 40-60%，过高或过低都不利于引发反应。　　上下游引物的 GC含量不能相差太大。　　 引物自身不应存在互补序列，否则引物自身会折叠成发夹结构Hairpin使引物本身复性。　　 这种二级结构会因空间位阻而影响引物与模板的复性结合。　　引物自身不能有连续4个碱基的互补。　　 两引物之间也不应具有互补性，尤其应避免3′ 端的互补重叠以防止引物二聚体Dimer与Cross dimer的形成。　　 引物之间不能有连续4个碱基的互补。　　 引物二聚体及发夹结构如果不可避免的话，应尽量使其△G值不要过高应小于4.5kcal/mol，?G 值是指 DNA 双链形成所需的自由能。　　 该值反映了双链结构内部碱基对的相对稳定性，否则易导致产生引物二聚体带，并且降低引物有效浓度而使PCR 反应不能正常进行。　　 扩展资料： 反向引物下游引物是沿着正链进行延长的。　　体外扩增DNA，双螺旋是部分或完全打开的，不存在冈崎片段，也不会一段段延长，理论上正反引物都是不间断延长的，和体内DNA自我复制是有区别的。　　 正向引物上游引物是沿着负链进行不间断延长的。　　 正链即有义链，也称编码链，一般位于双链DNA上端，方向从左到右为5"——3"，碱基序列和该基因mRNA基本相同；与该链结合的引物为反向引物； 负链即无义链，也称非编码连，和正链互补，与该链结合的引物为正向引物。　　 PCR反应中有两条引物，即5′端引物和3′引物。　　 设计引物时以一条DNA单链为基准常以信息链为基准，5′端引物与位于待扩增片段5′端上的一小段DNA序列相同；3′端引物与位于待扩增片段3′端的一小段DNA序列互补。　　 引物设计的基本原则： ①引物长度：15-30bp，常用为20bp左右。　　 ②引物碱基：G+C含量以40-60%为宜，G+C太少扩增效果不佳，G+C 过多易出现非特异条带。　　ATGC最好随机分布，避免5个以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列参照。　　 ③引物内部不应出现互补序列。　　 ④两个引物之间不应存在互补序列，尤

不相同，而且是从根本上就不同，即序列不同。pcr扩增是一段目的基因，”目的“的意思就是指定的序列，指定的方法就是前后各用一条引物定位。所以两条引物一般称为”上游引物“和”下游引物“。两引物分别对应不同的序列，中间就是需要扩增的部分。

上游引物扩增到DNA片段结束的位置，也就是合成一条新链，这条新链作为下一次扩增的模板，下游引物以这条模板继续扩增，循环后得到上游和下游之间的片段

不需要相同，只要退火温度相差不远就行

是5‘端。因为DNA的复制是从5‘到3"，引物的作用是与模板结合并引发后续DNA产物链条的延伸。

目前发现的大多数lncRNA都带有poly(A)，可以通过Oligo(dT)、随机引物进行反转录扩增合成cDNA

第一步：新建序列（或者通过Open直接打开序列）第二步：确定你要设计引物的起始位点,双击下面的序列可以选中一段（暂时先不要管引物长度）第三步：选择作为上游引物Select->Forward Primer,然后你会发现下面的序列上有相关引物第四步：编辑引物,Edit->Forward Primer,可以在文本框中对引物进行添加或删除（在此步骤中加入酶切位点或/和保护碱基）,最下面是发夹结构情况,没有发夹结构最好,参与配对形成发夹结构的碱基对越少越好（此窗口还有Tm等信息）第五步：分析引物Analyze->Duplex Formation->Forward Primer是上游引物形成二聚体情况,不形成最好,参与配对形成二聚体的碱基对越少越好；Analyze->****->Forward Primer（Analyze菜单中有很多可以对引物进行评估的功能,根据菜单名字便可知道）第六步：设计下游引物（同上游引物设计）第七步：将设计好的引物进行检查是否移码等等,然后从中Ctrl+C复制出来,

上游引物：GAATTCacgcgcaagattagg（后面可以继续加几个碱基，用PRIMER5.0看一下，引物设计多少个碱基合适，每个基因序列不同。我用TOYOBO的KODPLUS的话，就一般引物设计18~22个碱基，一般都能扩增出来）下游引物：GCGGCCGCccttgggaagaaaaagc（后面可以继续加几个碱基，用PRIMER5.0看一下，引物设计多少个碱基合适，每个基因序列不同）

两条引物可以通过PCR扩增出中间片段，可以通过测序或电泳加Marker确定中间片段的长度。两条引物分别和两条链配对的序列。你可以在纸上画一下，第一次扩增时假设可以从引物向另一端无限延伸，那第二个循环时以一端是上游引物片段的序列为模板，从另一端的下游引物延伸过来，延伸到和上游引物第一个碱基处就终止了，另一个模板一样。多次循环后，体系中多数都是位于两条引物间的序列了。-------中国西部生命科学论坛

是上游引物。正向引物=forwardprimer，反向引物=reverseprimer，只有中文说法里有上游下游，英文里没有。

1、进入Blast网页2、点击Search for short, nearly exact matches3、 在search栏中输入引物系列：注：文献报道ABCG2的引物为5"-CTGAGATCCTGAGCCTTTGG-3"5"-TGCCCATCACAACATCATCT-3"（1）输入方法可先输入上游引物，进行blast程序，同样方法在进行下游引物的blast程序。这种方法叫繁琐，而且在结果分析特异性时要看能与上游引物的匹配的系列，还要看与下游引物匹配的系列——之后看两者的交叉。（2）简便的做法是同时输入上下游引物：有以下两种方法。输入上下游引物系列都从5"——3"。A、输入上游引物 空格 输入下游引物B、输入上游引物 回车 输入下游引物4、 在options for advanced blasting中：select from 栏通过菜单选择Homo sapiens【ORGN】Expect后面的数字改为105、在format中：select from 栏通过菜单选择Homo sapiens【ORGN】. Expect后面的数字填上0 106、 点击网页中最下面的“BLAST！”7、 出现新的网页，点击Format！8、 等待若干秒之后，出现results of BLAST的网页。该网页用三种形式来显示blast的结果。（1）图形格式：图中①代表这些序列与上游引物匹配、并与下游引物互补的得分值都位于40～50分图中②代表这些序列与上游引物匹配的得分值位于40～50分，而与下游引物不互补图中③代表这些序列与下游引物互补的得分值小于40分，而与上游引物不匹配通过点击相应的bar可以得到匹配情况的详细信息。 （2）结果信息概要：从左到右分别为：A、数据库系列的身份证：点击之后可以获得该序列的信息B、系列的简单描述C、高比值片段对（high-scoring segment pairs, HSP)的字符得分。按照得分的高低由大到小排列。得分的计算公式＝匹配的碱基×2＋0.1。举例：如果有20个碱基匹配，则其得分为40.1。D、E值：代表被比对的两个序列不相关的可能性。【The E value decreases exponentially as the Score (S) that is assigned to a match between two sequences increases】。E值最低的最有意义，也就是说序列的相似性最大。设定的E值是我们限定的上限，E值太高的就不显示了E、最后一栏有的有UEG的字样，其中：U代表：Unigene数据库 E代表：GEO profiles数据库G代表：Gene数据库（3）结果详细信息：①圈出来的部分代表序列的信息②第一个大括号代表上游引物与该序列的正链【Plus/Plus】的匹配情况：共有21个碱基匹配，得分42.1分【21×2＋0.1＝42.1】，E值为0.020上游引物与序列的2143～2163位点匹配③第二个大括号代表下游引物与该序列的负链【Plus/Minus】的匹配情况：共有20个碱基匹配，得分40.1分【20×2＋0.1＝40.1】，E值为0.077。下游引物与该序列的29360～29379位点互补注意点：①上游引物为20个碱基，为什么会变成21个碱基呢？这是因为下游引物的第一个碱基为T，刚好与系列的2163位点的T匹配，因此下游引物的开头的第一个碱基被当成了上游引物了。同理，上游引物的最后一个碱基为G，被当成了下游引物了。通过寻找有没有与1～20位点、20～40位点完全匹配的序列，就可以避免这个因素的干扰了。 ②为什么与上下游引物匹配的ABCG2序列有多种？A、 为同一个基因来源的不同的mRNA片段B、 为该基因的DNA系列C、 为同一个基因来源的不同的cDNA克隆片段。结果判断：①验证文献报道的引物是否正确：如果你可以在所显示的结果中找出你的目的基因，一般说明你的引物正确性没问题。如果你blast后没有发现你的目的基因，或者分值很低，该引物就可能不适合用②检测该对引物是否可与其它序列匹配，引起PCR的非特异性扩增。如果找到了你的目的基因名称，而且找到了一大批同物种的不同基因，（上下游引物分别搜索到相同的基因），而且分数也较高。这时表明你的引物设计的特异性不高，极有可能在你的扩增产物中出现非特异性产物。

1、多杀性巴氏杆菌的Km t 及toxA 基因 T +Pm具有Km t 及toxA 基因 T Pm具有Km t基因 PCR引物：P1: 5′- A TC CGC TA T TTA CCC A GT GG-3′ P2: 5′-GCT GTA AAC GAA CTC GCC AC-3′ P3: 5′- CTT A GA TGA GCG ACA A GG-3′ P4: 5′- GAA TGC CAC ACC TCT A TA G-3′ 引物P1，P2检测Pm,扩增片段为457bp; 引物P3，P3检测T +Pm，扩增片段为864bp.退火温度56℃，时间30秒2、禽多杀性巴氏杆菌基因序列（U51470） 引物：上游引物：5"-TGC CAA AGT TGC CAA TAC TCC-3" 下游引物：5"-TCC CGT CCT CAT TTC TTG CG-3"退火温度45℃，时间1分钟3、猪巴氏杆菌参考GenBank中猪巴氏杆菌序列设计引物上游PAS1：5"-AgggCACgCAggCggACTTTTA-3" 上游PAS2：5"-ATCgACAgCgTTTACAgCgTggA-3"退火温度56.5℃，时间1分钟4、致病性嗜水气单胞菌（ 嗜水气单胞菌标准株Ah10501）究针对GenBank 中登录的致病性嗜水气单胞菌的溶血素基因( hlyA ) 、气溶素基因( aerA ) 以及为气单胞菌属所特有的内参照基因16S rRNA 保守区设计了3 对特异性引，非致病性分离株均未扩增出毒力基因hlyA 和aerA ,而致病性分离株则至少含有hlyA 基因

引物本来就是单链的。书上画成双链才怪。pcr所用的dna聚合酶只能顺着已经存在的一小段dna的尾巴来接着合成，它不会自己起头。引物就是这么一小段用来起头的dna。dna本身很长很长，我们扩增时，只能扩增其中一小段基因。如何确定扩增哪一小段呢？就需要引物来帮忙了。引物具有特殊的核苷酸序列，使它正好能与dna中某个特定的部位结合起来。你想一想，从直线上截取线段时是不是需要一左一右两个点呢？引物就相当与这两个点，所以pcr需要两个引物。这两个引物，我们通常称之为一对引物，一个叫上游引物，一个叫下游引物。

一般是目的片段PCR 不排除特殊情况

引物（Primer）在聚合作用的起始时，可以刺激合成另一种大分子，并与反应物以共价键形式连接的序列。在核酸化学中，引物是一段短的单链RNA或DNA片段，可结合在核酸链上与之互补的区域，其功能是作为核苷酸聚合作用的起始点，核酸聚合酶可由其3′端开始合成新的核酸链。体外人工设计的引物被广泛用于聚合酶链反应、测序和探针合成等。

你设计的引物，上游对应的是基因组的正向，下游对应的是基因组的反向。如果把下游引物转换成反向互补，就可以对应了。

目的基因的表达必须从ATG开始，检测目的基因是否有表达的情况下，可以中间设计引物

看你这样做目的，如果是测序一块加结果将会出现套峰.但是如楼上所说PCR一定一对的.

上游引物：GAATTCacgcgcaaga_tagg（后面可以继续加几个碱基，用PRIMER?5.0看一下，引物设计多少个碱基合适，每个基因序列不同。我用TOYOBO的KOD_LUS的话，就一般引物设计18~22个碱基，一般都能扩增出来）_掠我铮?_CGGCCGCccttgggaagaaaaagc（后面可以继续加几个碱基，用PRIMER?5.0看一下，引物设计多少个碱基合适，每个基因序列不同）

第一链合成后hl将mRNA水解nrvz其水解后的片段充当了第二链的引物

不是必须的只要包含atg就行,一般都是从上游几个碱基开始pcr

翻译不出来. 首先在转录水平上能转录出全场mRNA 其次但是到翻译水平是,核糖体会沿着mRNA从3‘端向5"端滑动,遇到第一个atg开始翻译,此后遇到终止子停止翻译.因此你的蛋白很难被翻译出来. 但是,终止子的效率不是百分之百,可能会有极少量蛋白质翻译出来,但是量太少,没意义.

引物有一条和模版的序列相同，而另一条和模版的序列反向互补，上游和下游是自己定的，分别位于模版的两端。上游引物就是和要扩增基因片断上游序列结合的引物（引物就是单链寡聚核苷酸，基因扩增需要从引物开始），同理，下游引物指与目的基因片断下游序列结合者。

知道引物确定pcr产物度1、引物度般15-30bp用18-27bp能于38bp； 2、引物GC含量般40%-60%45-55%宜游引物GC含量Tm值要保持接近； 3、引物所应模板序列Tm值72℃左右至少要55-80℃间Tm值曲线选取72度附近佳PCR扩增数目 目基700扩增产物度200. 引物选择问题引物决定扩增起始位置选择引物500位置扩增产物度200

方向不一致。第一，反向引物（又称下游引物）是沿着正链进行延长的。第二，正向引物（又称上游引物）是沿着负链进行不间断延长的。第三，上下游引物保证双链DNA两条链合成完毕。

0

简单的说上游引物就是和要扩增基因片断上游序列结合的引物,下游引物指与目的基因片断下游序列结合者.上游引物：DNA分子两端不一样，因为核苷酸分子不是对称的，5"位有个磷酸，3"位是-OH就是：磷酸端和羟基端。DNA复制总是从5"端到3"端，因为DNA聚合酶只能往3"端加核苷酸。下游引物：是沿着正链进行延长的。体外扩增DNA，双螺旋是部分或完全打开的，不存在冈崎片段，也不会一段段延长，理论上正反引物都是不间断延长的，和体内DNA自我复制是有区别的。判断是上游引物还是下游引物的方法：是谁先复制谁是上游，往后的就是下游，上游下游是个相对概念，是某一个序列／碱基相对于另一个序列／碱基而言的。扩展资料引物（Primer）在聚合作用的起始时，可以刺激合成另一种大分子，并与反应物以共价键形式连接的序列。在核酸化学中，引物是一段短的单链RNA或DNA片段，可结合在核酸链上与之互补的区域，其功能是作为核苷酸聚合作用的起始点，核酸聚合酶可由其3′端开始合成新的核酸链。体外人工设计的引物被广泛用于聚合酶链反应、测序和探针合成等。上游引物：Forwardprimer，F-引物，又称为正向引物；下游引物：Reverseprimer，R-引物，又称为反向引物。参考资料:百度百科-反向引物参考资料:百度百科-上游引物

引物（Primer）在聚合作用的起始时，可以刺激合成另一种大分子，并与反应物以共价键形式连接的序列。在核酸化学中，引物是一段短的单链RNA或DNA片段，可结合在核酸链上与之互补的区域，其功能是作为核苷酸聚合作用的起始点，核酸聚合酶可由其3′端开始合成新的核酸链。体外人工设计的引物被广泛用于聚合酶链反应、测序和探针合成等。上游引物：DNA分子两端不一样，因为核苷酸分子不是对称的，5"位有个磷酸，3"位是-OH 就是：磷酸端和羟基端。DNA复制总是从5"端到3"端，因为DNA聚合酶只能往3"端加核苷酸。所以谁先复制谁上游，往后的就是下游，上游下游是个相对概念，是某一个序列／碱基相对于另一个序列／碱基而言。 DNA是双链，两个链是反向平行的，DNA聚合酶顺着其中一个链走，这个链就是负链，另一个链是反着一段一段复制的，这个是正链。 所以上游引物就是位于整个扩增子（就是被扩增的目的序列）的5"端的引物。同DNA负链互补，同正链序列相同。下游引物反之。

虽然这个问题很简单，但我怎么发觉挺难回答的......上游引物就是和要扩增基因片断上游序列结合的引物（引物就是单链寡聚核苷酸，基因扩增需要从引物开始），同理，下游引物指与目的基因片断下游序列结合者。具体示意如下：（上下两条长线代表DNA模板）5"------------------------------------3"(无法控制输入格式啊)3"-----5"<----这个是下游引物5"----3"<--这个是上游引物3"------------------------------------5"我不太明白你的补充问题哈，再解释下：普通的PCR反应（就是用来扩增基因片断的反应），都是有且只有一个上游引物和一个下游引物的，也就是一对引物。因为DNA有两条链啊，半保留复制方式，细节你可以去看看PCR反应原理或生物体的DNA复制等内容。当然也有特殊的时候是单引物或多对引物同时进行扩增反应的。再另外，引物是一个核苷酸一个核苷酸合成的，一般是20个核苷酸左右的长度，不会用引物去扩增引物的。

以物体的整体划分

虽然这个问题很简单，但我怎么发觉挺难回答的......上游引物就是和要扩增基因片断上游序列结合的引物(引物就是单链寡聚核苷酸，基因扩增需要从引物开始)，同理，下游引物指与目的基因片断下游序列结合者。具体示意如下:(上下两条长线代表DNA模板)5"------------------------------------3"(无法控制输入格式啊)3"-----5"<----这个是下游引物5"----3"<--这个是上游引物3"------------------------------------5"我不太明白你的补充问题哈，再解释下:普通的PCR反应(就是用来扩增基因片断的反应)，都是有且只有一个上游引物和一个下游引物的，也就是一对引物。因为DNA有两条链啊，半保留复制方式，细节你可以去看看PCR反应原理或生物体的DNA复制等内容。当然也有特殊的时候是单引物或多对引物同时进行扩增反应的。再另外，引物是一个核苷酸一个核苷酸合成的，一般是20个核苷酸左右的长度，不会用引物去扩增引物的。

上游引物是靠近5"端的，下游引物是靠近3‘端的

四种核苷酸或脱氧核苷酸按照一定的排列顺序以3"，5"磷酸二酯键（phosphodiesterlinkage）相连形成的多聚核苷酸链或脱氧核苷酸（polydeoxynucleotides）,称为核苷酸序列(也称为碱基序列)。脱氧核苷酸或核苷酸的连接具有严格的方向性，是前一核苷酸的3"-OH与下一位核苷酸的5"-位磷酸间形成3"，5"磷酸二酯键，构成一个没有分支的线性大分子。DNA的书写应从5"到3"大多数的真核mRNA转录后在5"-端加一个7-甲基鸟苷,同时第一个核苷酸的C"2也是甲基化的,这种m7GpppNm帽子结构具有促进核蛋白体与mRNA的结合、加速翻译起始速度的作用,同时可以增强mRNA的稳定性。在真核mRNA的3"末端,有一多聚腺苷酸(polyA)结构,通常称为多聚A尾。一般由数十个至一百几十个腺苷酸连接而成。polyA是RNA生成后加上去的。polyA与mRNA从核内向胞质的转位及mRNA的稳定性有关。DNA双链是反向的，复制时，两股链均作为模板，但新链的合成只能是5"→3"引物提供3"-OH，与原料dNTP的5"-P形成磷酸二酯键，然后DNA聚合酶催化这一聚合反应的进行sirna合成中，以U6启动子为模板，5′端引物与U6启动子5′端互补，3′端引物与U6启动子3′端互补并带siRNA正义链及9nt的环状结构，二次循环带反义链。引物5"端可设计修饰，3"端是延伸开始，一般不可修饰，也不能形成二级结构。

任何PCR反应都需要用上下游引物

上游引物：DNA分子两端不一样，因为核苷酸分子不是对称的，5"位有个磷酸，3"位是-OH就是：磷酸端和羟基端。DNA复制总是从5"端到3"端，因为DNA聚合酶只能往3"端加核苷酸。所以谁先复制谁上游，往后的就是下游，上游下游是个相对概念，是某一个序列/碱基相对于另一个序列/碱基而言。上游引物是靠近5"端的，下游引物是靠近3‘端的。

f 是上游，r是下游。上游是forward primer ，下游是reverse primer。上游引物：Forward primer，F-引物，又称为正向引物；下游引物：Reverse primer，R-引物，又称为反向引物。上游和下游的区别根据河流不同河段的水文信息进行划分，根据流量、流速、比降、落差、泥沙含量、河流季节变化、水补给等因素进行划分。根据流域内不同河段的地形、地势等因素进行划分。上游河流在河源以下的一段称为上游河段，简称“上游”。上游河段的一般特征是：陡峻，多瀑布急流，流速大，流量小，冲刷占优势，河槽多为基岩或砾石。下游河流在河口以上的一段称为下游河段，简称“下游”。下游河段的特征是：流速更小，流量更大，淤积占优势，多浅滩和沙洲，河槽多细沙和鹅卵石。

先说上游。DNA分子两端不一样，因为核苷酸分子不是对称的，5"位有个磷酸，3"位是-OH 就是：磷酸端和羟基端。DNA复制总是从5"端到3"端，因为DNA聚合酶只能往3"端加核苷酸。所以谁先复制谁上游，往后的就是下游，上游下游是个相对概念，是某一个序列／碱基相对于另一个序列／碱基而言。引物的概念我就不说了，看摆渡百科。然后DNA是双链，两个链是反向平行的，DNA聚合酶顺着其中一个链走，这个链就是负链，另一个链是反着一段一段复制的，这个是正链。所以上游引物就是位于整个扩增子（就是被扩增的目的序列）的5"端的引物。同DNA负链互补，同正链序列相同。 强烈建议找个教科书抱着看．

只用上游或只用下游引物有什么意义，能解决你的问题吗？要是能严谨的解决你的问题你就可以用。事实上不对称PCR已经在应用了，这东西没人限制你，只要能解决问题你就用。